Anne OTate - Anne OTate - Wikipedia

Anne O'Tate je bezplatná webová aplikace [1] který analyzuje soubory záznamů identifikovaných na PubMed, bibliografická databáze článků z více než 5 500 biomedicínských časopisů po celém světě. Zatímco PubMed má vlastní širokou škálu možností vyhledávání k identifikaci sad záznamů relevantních pro dotaz výzkumných pracovníků, postrádá schopnost tyto sady záznamů dále analyzovat, což je proces, pro který dolování textu a rozbalit bylo použito. Anne O'Tate je schopna provádět takovou analýzu a dokáže zpracovat sady až 25 000 záznamů PubMed.[1]

Popis

Jakmile je sada článků identifikována pomocí Anne O'Tate s rozhraním podobným PubMed a syntaxí vyhledávání, lze sadu analyzovat a slova a pojmy uvedené v konkrétních „polích“ (sekcích) záznamů PubMed lze zobrazit v pořadí frekvence.[2] „Pole“, která Anne O’Tate může zobrazit tímto způsobem, jsou:

Témata (MeSH)

Tato možnost může pomoci identifikovat možné Lékařské předměty (známé jako termíny MeSH, ale pod názvem „Témata“ Anne O'Tate) pro předmět, pro který neexistuje odpovídající nadpis předmětu nebo „vstupní výraz“ (křížové odkazy na preferovaný termín MeSH), nebo kde je proces automatického mapování PubMed (identifikace Termín MeSH a jeho zahrnutí do formulace vyhledávání) selže.

Hledání například článků o „„ Přenosu znalostí ““ (pro které neexistuje odpovídající MeSH nebo vstupní termín) vyvolá soubor asi 530 studií v PubMed (od srpna 2011); Analýza Anne O’Tate naznačuje, že termíny MeSH jako „Difúze inovací“ nebo „Šíření informací“ mohou být vhodnými doplňkovými koncepty pro získání „citlivější“ (komplexní) sady odkazů. Tato metoda identifikace možných termínů MeSH není na PubMed k dispozici.

Autoři

Tato možnost může pomoci s identifikací autorů, kteří často psali o daném tématu, nebo může pomoci s identifikací možných odborníků nebo recenzentů

Časopisy

Identifikace časopisů, které publikují příspěvky o zkoumaném tématu, může pomoci při výběru vhodných časopisů, které je třeba zvážit pro rukopisy nebo pro podrobné skenování příslušných článků („ruční vyhledávání“)[3]) nebyl nalezen při hledání na PubMed.

Další pole

Rovněž lze analyzovat přidružení autorů (adresy) a roky vydání. „Důležitá slova“ z titulů a abstraktů, která se „[...] mohou častěji vyskytovat v podmnožině výsledků než v MEDLINE jako celek, čímž odlišují podmnožinu výsledků od zbytku MEDLINE “ [4] lze identifikovat a pomoci s dalším upřesněním vyhledávání na PubMed.[5][6][7]

Dějiny

Anne O'Tate (slovní hříčka) byla vyvinuta Neilem R Smalheiserem a týmem výzkumníků z University of Chicago. Je součástí projektu Arrowsmith Project, který vyvinul nástroje, jako je „Arrowsmith“, aplikace pro porovnávání textu,[8] „Adam“, databáze lékařských zkratek,[9] a „Autor-ity“ (nástroj pro disambiguaci autorů),[10] "Kompendium", seznam těžba biomedicínského textu nástroje a Anne O’Tate. Projekt je založen na výzkumu vedeném Don R. Swanson na University of Chicago [11] který hostil původní nástroj.[12]Další výzkum vedl Neil R. Smalheiser na University of Illinois v Chicagu, s financováním z Národní institut zdraví.[13]

Další aplikace pro těžbu textu PubMed

Byla vyvinuta široká škála aplikací pro dolování textu pro PubMed,[4] pomocí vlastního rozhraní, jako je GoPubMed, ClusterMed nebo PubReMiner. Pouze Anne O’Tate používá standardní rozhraní PubMed, syntaxi vyhledávání a některé jeho funkce.

Reference

  1. ^ A b Smalheiser, N.R .; Zhou, W .; Torvik, V. I. (2008). „Anne O'Tate: Nástroj na podporu sumarizace, procházení a procházení výsledků vyhledávání PubMed uživatelem“. Journal of Biomedical Discovery and Collaboration. 3: 2. doi:10.1186/1747-5333-3-2. PMC  2276193. PMID  18279519.
  2. ^ Palidwor, G. A .; Andrade-Navarro, M. A. (2010). „MLTrends: Graphing MEDLINE term usage in time“. Journal of Biomedical Discovery and Collaboration. 5: 1–6. PMC  2990277. PMID  20333611.
  3. ^ Langham, J .; Thompson, E .; Rowan, K. (1999). "Identifikace randomizovaných kontrolovaných studií z literatury pro urgentní medicínu: Porovnání ručního vyhledávání versus vyhledávání MEDLINE". Annals of Emergency Medicine. 34 (1): 25–34. doi:10.1016 / s0196-0644 (99) 70268-4. PMID  10381991.
  4. ^ A b Lu, Z. (2011). „PubMed and beyond: A survey of web tools for searching biomedical literature“. Databáze. 2011: baq036. doi:10.1093 / databáze / baq036. PMC  3025693. PMID  21245076.
  5. ^ Wilczynski, N.L .; Walker, C. J .; McKibbon, K. A .; Haynes, R. B. (1995). „Důvody pro ztrátu citlivosti a specifičnosti metodických termínů a textových slov MeSH v MEDLINE“. Řízení. Symposium on Computer Applications in Medical Care: 436–440. PMC  2579130. PMID  8563319.
  6. ^ Greenhalgh, T. (1997). „Jak číst článek. Databáze Medline“. BMJ (Clinical Research Ed.). 315 (7101): 180–183. doi:10.1136 / bmj.315.7101.180. PMC  2127107. PMID  9251552.
  7. ^ Smalheiser, N.R .; Zhou, W .; Torvik, V. I. (2011). „Distribuce„ charakteristických “termínů v literaturách MEDLINE. Informace. 2 (4): 266–276. doi:10,3390 / info2020266.
  8. ^ Smalheiser, N.R .; Torvik, V. I .; Zhou, W. (2009). „Rozhraní pro vyhledávání dvou uzlů Arrowsmith: Výukový program pro hledání smysluplných odkazů mezi dvěma různorodými sadami článků v MEDLINE“. Počítačové metody a programy v biomedicíně. 94 (2): 190–197. doi:10.1016 / j.cmpb.2008.12.006. PMC  2693227. PMID  19185946.
  9. ^ Zhou, W .; Torvik, V. I .; Smalheiser, N. R. (2006). "ADAM: Další databáze zkratek v MEDLINE". Bioinformatika. 22 (22): 2813–2818. doi:10.1093 / bioinformatika / btl480. PMID  16982707.
  10. ^ Torvik, V. I .; Smalheiser, N. R. (2009). „Sejmutí jména autora v MEDLINE“. Transakce ACM při zjišťování znalostí z dat. 3 (3): 1–29. doi:10.1145/1552303.1552304. PMC  2805000. PMID  20072710.
  11. ^ Swanson, D.R .; Smalheiser, N.R. (Léto 1999). „Implicitní textové vazby mezi záznamy Medline: Použití Arrowsmith jako pomůcky pro vědecký objev“ (PDF). Trendy knihovny. 48 (1): 48–59. Citováno 4. července 2011.
  12. ^ „Arrowsmith-2 v systému Linux“. University of Chicago. Archivovány od originál dne 18. června 2009. Citováno 4. července 2011.
  13. ^ Smalheiser, N.R. (Říjen 2005). „The Arrowsmith Project: 2005 Status Report“. Discovery Science. 8. mezinárodní konference o vědě o objevech. Přednášky z informatiky. 3735. 26–43. doi:10.1007/11563983_5. ISBN  978-3-540-29230-2.

externí odkazy