Analýza podobností - Analysis of similarities

Analýza podobností (ANOSIM) je neparametrický statistický test široce používaný v oblasti ekologie. Test nejprve navrhl K. R. Clarke[1] jako ANOVA -jako test, kde místo provozu na hrubá data, funguje na zařaděné odlišnosti matice.

Vzhledem k tomu, matice hodnosti odlišnosti mezi sadou vzorků patří každý pouze jednomu léčená skupina, ANOSIM testuje, zda můžeme odmítnout nulová hypotéza že podobnost mezi skupinami je větší nebo rovna podobnost ve skupinách.

Statistika testu R se počítá následujícím způsobem:

kde rB je průměr hodnostních podobností dvojic vzorků (nebo replikátů) pocházejících z různých míst, rŽ je průměr hodnostní podobnosti párů mezi replikuje v rámci webů a M = n(n - 1) / 2 kde n je počet vzorků.

Statistika testu R je omezen mezi hodnotami −1 až 1, kde kladná čísla navrhnout větší podobnost v rámci webů a hodnoty blízké nule nepředstavují žádný rozdíl mezi v rámci webů a v rámci podobností webů. Záporný R hodnoty naznačují větší podobnost mezi weby než v rámci webů a mohou zvýšit možnost nesprávného přiřazení vzorků k webům.

Za účelem hypotéza testování, kde nulovou hypotézou je, že podobnosti uvnitř stránek jsou menší nebo stejné jako podobnosti mezi místy, R statistika se obvykle porovnává se sadou R ' hodnoty, kterých je dosaženo náhodným zamícháním štítků stránek mezi vzorky a výpočtem výsledného R ', mnohokrát opakováno. Procento případů, kdy je skutečná R předčil obměny odvozený R ' values ​​je p-hodnota pro aktuální R statistický.

Hodnocení rozdílů v ANOSIM a NMDS (nemetrické multidimenzionální škálování) jde ruku v ruce. Kombinace obou metod doplňuje vizualizaci skupinových rozdílů spolu s testování významnosti.[2]

ANOSIM je implementován v několika statistických softwarech, včetně PRIMER, R Vegan package a PAST.

Reference

  1. ^ Clarke, K. R. (1993). "Neparametrické vícerozměrné analýzy změn ve struktuře komunity". Australská ekologie. 18 (1): 117–143. doi:10.1111 / j.1442-9993.1993.tb00438.x. ISSN  1442-9985.
  2. ^ Buttigieg, Pier Luigi; Ramette, Alban (2014). „Průvodce statistickou analýzou v mikrobiální ekologii: komunitní, živý přehled analýz více proměnných dat“. Ekologie mikrobiologie FEMS. 90 (3): 543–550. doi:10.1111/1574-6941.12437. ISSN  0168-6496. PMID  25314312.

externí odkazy