AmpliPHOX - AmpliPHOX - Wikipedia

The ampliPHOX Technologie kolorimetrické detekce byla vytvořena jako výzkumný nástroj pro analýzu mikročipů s nízkou hustotou poskytnutím rychlé a nákladově efektivní kolorimetrické detekce s minimálním vstupem uživatele. Kombinace jednoduché reagenční soupravy a malého stolního nástroje poskytuje novou výkonnou detekční technologii pro aplikace s nízkou hustotou (<2500 bodů) na mikročipech a je vyráběna společností InDevR, Inc. S investicí zhruba desetkrát nižší, než je potřeba pro typický skener microarray, poskytuje ampliPHOX ekvivalentní analytickou citlivost na fluorescenci s jednoduchým kolorimetrickým odečtem.[1]

Klíčem k kolorimetrické detekční technologii ampliPHOX je chemická reakce iniciovaná světlem, která na mikročipu vytváří pevné polymerní skvrny. Biotinylované cíle jsou nejprve zachyceny na microarray a následně označeny iniciátorem spojeným se streptavidinem. Když je přidáno proprietární řešení a světlo z čtečky ampliPHOX osvětluje pole, polymer roste selektivně pouze z míst, kde byly zachyceny biotinylované cíle. Proces probíhá během několika minut a lze jej sledovat pouhým okem a následně jej zobrazit pomocí čtečky ampliPHOX.

Principy činnosti

Zkouška ampliPHOX umožňuje detekci cílů označených biotinem pomocí světla a patentované značky streptavidinu (ampliTAG) k zahájení polymerace vysoce optimalizovaného roztoku monomeru (ampliPHY). Transparentní polymer se tvoří pouze na místech, kde došlo k události značení. Kontrast polymeru je zvýšen aplikací jednoduchého barvení (ampliRED) před zobrazením a analýzou pomocí softwaru ampliVIEW. Vytvořené polymerní skvrny jsou viditelné pouhým okem. Na webu InDevR a video je k dispozici pro ilustraci konceptu.

Před provedením detekce ampliPHOX musí být do cíle (ů) microarray inkorporovány molekuly biotinu. Toho lze dosáhnout pomocí řady komerčně dostupných nebo vlastních možností, v závislosti na konkrétní aplikaci. Stručný popis klíčových kroků a vlastností testu ampliPHOX a čtečky ampliPHOX je uveden níže.

Značení

Začlenění ampliTAG do biotinylované microarray je prvním krokem k detekci události zachycení microarray. Označení microarray pomocí ampliTAG se provádí ručně a není prováděno pomocí čtečky ampliPHOX. Proces značení microarray sestává z pětiminutového inkubačního kroku následovaného pětminutovým promýváním.

Zesílení signálu

Roztok ampliPHY se aplikuje ručně na označenou microarray a vystaví se světlu pomocí Photoactivation Bay nástroje. Během fotoaktivace spouští ampliTAG polymeraci ampliPHY. Výsledkem je, po odstranění přebytečného ampliPHY, bezbarvý, ale viditelný polymer, který je přítomen pouze v oblastech, kde byly cíle značeny ampliTAG. Tento polymer je následně obarven ampliRED, aby byly skvrny viditelné pouhým okem a umožnil jednoduché digitální zobrazování a analýzu výsledných signálů pomocí čtečky ampliPHOX Reader a doprovodného softwaru ampliVIEW.

Analýza dat

Poté, co byl polymer obarven, se sklíčko přenese do zobrazovacího pole nástroje pro analýzu. Nejprve je zachycen jednoduchý digitální obraz pole. Tento obrázek je kompilován s dalšími důležitými informacemi o microarray do datového souboru s příponou „.ari“. Po uložení lze soubory .ari kdykoli analyzovat pomocí karty Analýza v softwaru ampliVIEW. Cíl je považován za pozitivní, pokud všechna místa pro daný cíl splňují následující kritéria:

s > b + 1,8 σb

Kde s je střední intenzita místa, b je střední intenzita pozadí (počítáno z 48 pixelů) a σb je směrodatná odchylka intenzity pozadí.

Aplikace

ampliPHOX byl optimalizován pro použití se skleněnými mikročipovými substráty a lze jej použít jak v systémech založených na nukleových kyselinách, tak v proteinech a v zásadě jej lze použít k detekci jakéhokoli produktu označeného biotinem. Výzkum na USDA využil tuto technologii k profilování Shiga toxin -produkce Escherichia coli identifikací shluků genů O-antigenu a genů virulence.[2] Dále byl proveden výzkum na InDevR za účelem identifikace a psaní Chřipka pomocí ampliPHOX a vlastních Microarrays InDevR ve spojení s RT-PCR. Tato práce ukazuje, že detekce ampliPHOX spárovaná s mikročipem s nízkou hustotou může poskytnout nízkonákladovou alternativu k metodám, jako je qRT-PCR pro sledování chřipky, zejména v prostředích s omezeným zdrojem.[1]

Reference

  1. ^ A b „Nová metoda kolorimetrické detekce pro nákladově efektivní identifikaci chřipky na mikrořadici s nízkou hustotou“ (PDF).[trvalý mrtvý odkaz ]
  2. ^ Quiñones, Beatriz; Swimley, Michelle S .; Narm, Koh-Eun; Patel, Ronak N .; Cooley, Michael B .; Mandrell, Robert E. (2012). „Profilování O-antigenu a virulence bakterie Escherichia coli produkující Shiga toxiny rychlou a nákladově efektivní kolorimetrickou metodou DNA microarray“. Hranice v buněčné a infekční mikrobiologii. 2: 61. doi:10.3389 / fcimb.2012.00061. PMC  3417394. PMID  22919652.

externí odkazy