Amide prsten - Amide ring - Wikipedia

Amide prsteny jsou malé motivy v bílkoviny a polypeptidy. Skládají se z 9 atomových nebo 11 atomových kruhů tvořených dvěma CO...HN Vodíkové vazby mezi amidovou skupinou postranního řetězce a hlavními atomy řetězce krátkého polypeptid.[1] Jsou pozorovány s glutamin nebo asparagin boční řetězy uvnitř bílkoviny a polypeptidy. Strukturně podobné prsteny se vyskytují ve vazbě purin, pyrimidin a nikotinamid báze k atomům hlavního řetězce proteinů. Asi 4% z asparaginy a glutaminy tvoří amidové kruhy; v databázích proteinová doména struktury, jeden je v průměru přítomen každý druhý protein.

V takových kruzích má polypeptid konformaci beta list nebo typu II polyprolinová spirála (PPII). Počet glutaminy a asparaginy pomáhají vázat krátké peptidy (s konformací PPII) v drážce MHC třídy II (Hlavní komplex histokompatibility ) bílkoviny [2] formováním těchto motivů. Amidový kruh s 11 atomy, zahrnující glutaminový zbytek, se vyskytuje uvnitř variabilních domén lehkého řetězce některých Imunoglobulin G. protilátky a pomáhá při jejich propojení beta-listy.

Amidový kruh se používá pro specificitu adaptorového proteinu GRB2 pro konkrétní asparagin v proteinech se váže. GRB2 silně se váže na pentapeptid EYINQ (když je tyrosin fosforylován); v takových strukturách nastává 9-atomový amidový kruh mezi amidovým postranním řetězcem asparaginu pentapeptidu a hlavními atomy řetězce zbytku 109 GRB2.[3]

Reference

  1. ^ Le Questel, JY; Morris DG (1993). "Společné kruhové motivy v proteinech zahrnujících asparaginové nebo glutaminové skupiny vodíkově vázané na atomy hlavního řetězce". Journal of Molecular Biology. 231: 888–896. doi:10.1006 / jmbi.1993.1335.
  2. ^ Painter, CA; Negroni MP (2011). „Konformační odpovědnost ve třídě II MHC 3/10-šroubovice“. Proc Natl Acad Sci USA. 108: 19329–19338. doi:10.1073 / pnas.1108074108. PMC  3228433.
  3. ^ Rahuel, J; Gay B (1996). "Strukturní základ pro specificitu GRB-2-SH2 odhalený novým způsobem vázání ligandu". Nat Struct Biol. 90: 586–589.

externí odkazy


  1. ^ Leader, DP; Milner-White (2009). „Motivované proteiny: Webová aplikace pro studium malých trojrozměrných proteinových motivů“. BMC bioinformatika. 10 (1): 60. doi:10.1186/1471-2105-10-60. PMC  2651126. PMID  19210785.
  2. ^ Golovin, A; Henrick (2008). "MSDmotif: zkoumání proteinových stránek a motivů". BMC bioinformatika. 9 (1): 312. doi:10.1186/1471-2105-9-312. PMC  2491636. PMID  18637174.