Akademii založil v roce 2010 makedonský fotbalista Goran Pandev, po kterém byla akademie pojmenována.[1] Od roku 2014 má Akademija Pandev seniorský tým soutěžící v makedonských seniorských ligách. V roce 2017 byl vedoucí tým povýšen na Makedonská první liga poprvé ve své historii.[2]
V únoru 2018 se tým přestěhoval hrát své domácí zápasy na Stadion Kukuš kvůli neshodě ohledně nájemného s FK Belasica.[3]V sezóně 2018-19 Akademija zvítězil na trofeji Makedonského poháru, když zvítězil v thrilleru proti Makedoniji G.P v penaltovém rozstřelu. Zápas skončil 2–2 v průběhu času. Akademija vyhrál celkem 4–2 na penaltách 6–4.
Domácí půda
Stadion Mladost je víceúčelový stadion ve Strumici v Makedonii. V současné době se používá převážně pro fotbalové zápasy a kapacita stadionu je 6500 diváků. Při poslední rekonstrukci v roce 2017 má stadion kapacitu 9200 míst k sezení a jedná se o hřiště třetí třídy v souladu se standardy UEFA. Splňuje podmínky vysoké soutěže a je druhým takovým stadionem v zemi.