Αr15 RNA - αr15 RNA - Wikipedia

αr15 je rodina bakteriálních malých nekódujících RNA se zástupci v široké skupině α-proteobakterií z řádu Rhizobiales. První členové této rodiny (smr15C1 a smrC15C2) byly nalezeny tandemově uspořádané ve stejné intergenní oblasti (IGR) Sinorhizobium meliloti 1021 chromozom (C).^[1] Další homologie a analýza zachování struktury identifikovaly homology Smr15C1 a Smr15C2 plné délky v několika symbiotických rhizobiích vázajících dusík (tj. R. leguminosarum bv. viciae, R. leguminosarum bv. trifolii, R. etlia několik Mesorhizobium patogeny rostlin patřící k Agrobacterium druhy (tj. A. tumefaciens, A. vitis, A. radiobacter, a Agrobacterium H13) a také v širokém spektru Brucella druh (B. ovis, B. canis, B. abortus a B. microtisa několik biovarů B. melitensis). Homology Smr15C1 (115 nt) a Smr15C2 (121 nt) jsou také kódovány v tandemu ve stejné oblasti IGR Rhizobium a Agrobacterium zatímco u druhů Brucella se lokusy αr15C šíří v IGR chromozomu I. Kromě toho tato analýza také identifikovala třetí lokusy αr15 v extrachromozomálních replikonech zmíněných α-proteobakterií vázajících dusík a v chromozomu II Brucella druh. Druhy RNA αr15 jsou dlouhé 99-121 nt (tabulka 1) a sdílejí dobře definovanou společnou sekundární strukturu skládající se ze tří kmenových smyček (obrázek 1). Přepisy rodiny αr15 lze katalogizovat jako trans-aktivující sRNA kódované nezávislými transkripčními jednotkami se rozpoznatelným podpisem promotoru a terminace transkripce v intergenních oblastech (IGR) a-proteobakteriálních genomů (obrázek 5).

Objev a struktura

Smr15C1 y Smr15C2 sRNA byly popsány del Val et al.,^[1] jako výsledek výpočetního komparativního genomického přístupu v intergenních oblastech (IGR) reference S. meliloti 1021 kmen (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi ). Ačkoli primární nukleotidová sekvence Smr15Cl a Smr15C2 vykazovala vysokou podobnost (84% identita), mohly být navrženy specifické sondy pro každou sRNA, které detekovaly transkripty různých velikostí a profilů exprese.^[1]

Experimenty 5’-RACE založené na TAP mapovaly začáteční místa transkripce Smr15C1 a Smr15C2 (TSS) v S. meliloti 1021 genom (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi ). Smr15C1 TSS byl mapován do chromozomální polohy 1698731 nt a TSS Smr15C2 do nt 1698937. Předpokládalo se, že 3'-konce jsou umístěny na 1698617 nt a 1698817 nt, v souladu s posledním zbytkem po sobě jdoucího úseku USA poctivý terminátor nezávislý na Rho (obrázek 5). Paralelní a pozdější studie,^[2]^[3] ve kterých jsou transkripty Smr15C1 a Smr15C2 označovány jako dvě kopie sra41 nebo Sm3 / Sm3 ', nezávisle potvrdily expresi těchto sRNA v S. melilloti a v jeho blízce příbuzném kmeni 2011. Nedávná charakterizace malé frakce RNA (50–350 nt) S. meliloti Rok 2011 také odhalil expresi Smr15C1 a Smr15C2, zde označovaných jako SmelC411 a SmelC412, mapující 5'- a 3´-konce transkriptů plné délky do v podstatě stejných pozic jako del Val et al. v S. meliloti 1021 chromozomů. Tato studie však identifikovala další TSS pro Smr15C2 na pozici 1698948.^[4]

Nukleotidové sekvence Smr15C1 a Smr15C2 byly původně použity jako dotaz pro vyhledávání proti databázi Rfam (verze 10.0; http://rfam.xfam.org ). Toto hledání odhalilo částečnou homologii obou transkriptů, omezenou na druhou vlásenku a Rho-nezávislý terminátor, na rodinu RNA RF00519 známou jako suhB (http://rfam.xfam.org/family/RF00519 ). V této databázi však nebyly nalezeny žádné strukturní homology sRNA plné délky.

Oba S.melilloti αr15 sRNA byly také BLASTed s výchozími parametry proti všem aktuálně dostupným bakteriálním genomům (1 615 sekvencí k 20. dubnu 2011; https://www.ncbi.nlm.nih.gov ). Oblasti vykazující významnou homologii s dotazovanou sekvencí (78-89% podobnost) byly extrahovány, aby se vytvořil Covariance Model (CM) ze zarovnání semene pomocí Infernal (verze 1.0)^[5] (Obrázek 2). Tento CM byl použit při dalším hledání nových členů rodiny αr15 ve stávajících bakteriálních genomových databázích.

Obrázek 2: Model kovariance ve stockholmském formátu zobrazující strukturu konsensu pro rodinu αr15. Každý ze stonků představovaných strukturní linkou # = GC SS_cons je v jiné barvě, odpovídající červené k stonku terminátoru nezávislého na rho. Covariance Model ve formátu stockholm lze stáhnout tady.

Tabulka 1: Homology Smr15C1 a Smr15C2 v jiných symbiontech a patogenech
CM model	název	GI přístupové číslo	začít	konec	pramen	% GC	délka	Organismus
αr15	Smr15C1	gi \| 15963753 \| ref \| NC_003047.1 \|	1698617	1698731	-	54	115	Sinorhizobium meliloti 1021
αr15	Smr15C2	gi \| 15963753 \| ref \| NC_003047.1 \|	1698817	1698937	-	50	121	Sinorhizobium meliloti 1021
αr15	Smr15A	gi \| 16262453 \| ref \| NC_003037.1 \|	552873	552984	+	51	112	Sinorhizobium meliloti 1021 plazmidu pSymA
αr15	Smedr15C1	gi \| 150395228 \| ref \| NC_009636.1 \|	1337011	1337126	-	53	116	Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419
αr15	Smedr15C2	gi \| 150395228 \| ref \| NC_009636.1 \|	1337212	1337331	-	50	120	Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419
αr15	Smedr15p03	gi \| 150378263 \| ref \| NC_009622.1 \|	40054	40165	-	52	112	Sinorhizobium medicae Plazmid WSM419 pSMED03
αr15	SFR15C1	gi \| 227820587 \| ref \| NC_012587.1 \|	1612511	1612626	-	59	116	Sinorhizobium fredii NGR234 chromozom
αr15	SFR15C2	gi \| 227820587 \| ref \| NC_012587.1 \|	1612711	1612830	-	51	120	Sinorhizobium fredii NGR234 chromozom
αr15	Sfr15b	gi \| 227818258 \| ref \| NC_012586.1 \|	134078	134190	-	55	113	Sinorhizobium fredii NGR234 plazmid pNGR234b
αr15	Atr15C1	gi \| 159184118 \| ref \| NC_003062.2 \|	2163254	2163370	+	53	117	Agrobacterium tumefaciens str. Kruhový chromozom C58
αr15	Atr15C2	gi \| 159184118 \| ref \| NC_003062.2 \|	2163454	2163554	+	57	101	Agrobacterium tumefaciens str. Kruhový chromozom C58
αr15	AH13r15C1	gi \| 325291453 \| ref \| NC_015183.1 \|	2112823	2112939	+	52	117	Agrobacterium sp. Chromozom H13-3
αr15	AH13r15C2	gi \| 325291453 \| ref \| NC_015183.1 \|	2113023	2113121	+	54	99	Agrobacterium sp. Chromozom H13-3
αr15	AH13r15a	gi \| 325168279 \| ref \| NC_015184.1 \|	211698	211807	-	53	110	Agrobacterium sp. H13-3 plazmid pAspH13-3a
αr15	ReCIATr15C1	gi \| 190889639 \| ref \| NC_010994.1 \|	3155217	3155332	+	51	116	Rhizobium etli CIAT 652
αr15	ReCIATr15C2	gi \| 190889639 \| ref \| NC_010994.1 \|	3155440	3155555	+	48	116	Rhizobium etli CIAT 652
αr15	ReCIATr15pC	gi \| 190894340 \| ref \| NC_010997.1 \|	941345	941452	+	53	108	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pC
αr15	ReCIATr15B	gi \| 190893983 \| ref \| NC_010996.1 \|	187927	188041	-	50	115	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pB
αr15	Arr15CI1	gi \| 222084201 \| ref \| NC_011985.1 \|	2506215	2506331	+	52	117	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1
αr15	Arr15CI2	gi \| 222084201 \| ref \| NC_011985.1 \|	2506418	2506534	+	54	117	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1
αr15	Arr15CII	gi \| 222080781 \| ref \| NC_011983.1 \|	1011511	1011624	-	57	114	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 2
αr15	Rlt2304r15C1	gi \| 209547612 \| ref \| NC_011369.1 \|	2770612	2770727	+	50	116	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom
αr15	Rlt2304r15C2	gi \| 209547612 \| ref \| NC_011369.1 \|	2770835	2770949	+	50	115	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom
αr15	Avr15CI1	gi \| 222147015 \| ref \| NC_011989.1 \|	2608532	2608647	+	54	116	Agrobacterium vitis 1. chromozom S4
αr15	Avr15CI2	gi \| 222147015 \| ref \| NC_011989.1 \|	2608739	2608839	+	46	101	Agrobacterium vitis S4 chromozom 1
αr15	Avr15Atc	gi \| 222083145 \| ref \| NC_011984.1 \|	122624	122736	-	50	113	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4c
αr15	Avr15Ate	gi \| 222102412 \| ref \| NC_011981.1 \|	198928	199039	+	51	112	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4e
αr15	Avr15Ti	gi \| 222080117 \| ref \| NC_011982.1 \|	52286	52397	-	57	112	Agrobacterium vitis S4 plazmid pTiS4
αr15	Rlvr15C1	gi \| 116249766 \| ref \| NC_008380.1 \|	3605490	3605605	+	51	116	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841
αr15	Rlvr15C2	gi \| 116249766 \| ref \| NC_008380.1 \|	3605714	3605829	+	48	116	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841
αr15	Rlvr15p10	gi \| 116254467 \| ref \| NC_008381.1 \|	138799	138912	+	56	114	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL10
αr15	Rlvr15p11	gi \| 116255200 \| ref \| NC_008384.1 \|	567053	567166	-	53	114	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL11
αr15	Rlt1325r15C1	gi \| 241202755 \| ref \| NC_012850.1 \|	2981275	2981390	+	50	116	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325
αr15	Rlt1325r15C2	gi \| 241202755 \| ref \| NC_012850.1 \|	2981499	2981613	+	50	115	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325
αr15	Rlt1325r15p02	gi \| 241666492 \| ref \| NC_012858.1 \|	36176	36289	+	51	114	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plazmid pR132502
αr15	ReCFNr15C1	gi \| 86355669 \| ref \| NC_007761.1 \|	3117667	3117782	+	50	116	Rhizobium etli CFN 42
αr15	ReCFNr15C2	gi \| 86355669 \| ref \| NC_007761.1 \|	3117890	3118004	+	50	115	Rhizobium etli CFN 42
αr15	ReCFNr15d	gi \| 89255298 \| ref \| NC_004041.2 \|	172760	172874	-	50	115	Rhizobium etli CFN 42 symbiotický plazmid p42d
αr15	ReCFNr15a	gi \| 86359705 \| ref \| NC_007762.1 \|	157296	157409	+	56	114	Rhizobium etli CFN 42 plazmid p42a
αr15	Mlr15a	gi \| 13488050 \| ref \| NC_002679.1 \|	65044	65154	-	51	111	Mesorhizobium loti MAFF303099 plazmid pMLa
αr15	Bcr15CII	gi \| 161620094 \| ref \| NC_010104.1 \|	707465	707572	+	56	108	Brucella canis ATCC 23365 chromozom II
αr15	Bcr15CI1	gi \| 161617991 \| ref \| NC_010103.1 \|	1379297	1379398	-	51	102	Brucella canis ATCC 23365 chromozom I
αr15	Bcr15CI2	gi \| 161617991 \| ref \| NC_010103.1 \|	1451969	1452087	-	50	119	Brucella canis ATCC 23365 chromozom I
αr15	Bs23445r15CI1	gi \| 163842277 \| ref \| NC_010169.1 \|	1401085	1401186	-	51	102	Brucella suis ATCC 23445 chromozom I
αr15	Bs23445r15CI2	gi \| 163842277 \| ref \| NC_010169.1 \|	1473791	1473909	-	50	119	Brucella suis ATCC 23445 chromozom I
αr15	Bs23445r15CII	gi \| 163844199 \| ref \| NC_010167.1 \|	696081	696188	+	56	108	Brucella suis ATCC 23445 chromozom II
αr15	Bm16Mr15CI	gi \| 17986284 \| ref \| NC_003317.1 \|	607684	607785	+	51	102	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom I
αr15	Bm16Mr15CII	gi \| 17988344 \| ref \| NC_003318.1 \|	589501	589608	-	56	108	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom II
αr15	BaS19r15CII	gi \| 189022234 \| ref \| NC_010740.1 \|	508055	508162	-	56	108	Brucella abortus S19 chromozom 2
αr15	BaS19r15CI1	gi \| 189023268 \| ref \| NC_010742.1 \|	1396794	1396895	-	51	102	Brucella abortus 1. chromozom S19
αr15	BaS19r15CI2	gi \| 189023268 \| ref \| NC_010742.1 \|	1469407	1469525	-	50	119	Brucella abortus 1. chromozom S19
αr15	Bm23457r15CII	gi \| 225685871 \| ref \| NC_012442.1 \|	687290	687397	+	56	108	Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom II
αr15	Bm23457r15CI	gi \| 225851546 \| ref \| NC_012441.1 \|	1400641	1400742	-	51	102	Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom I
αr15	Bs1330r15CII	gi \| 56968493 \| ref \| NC_004311.2 \|	708185	708292	+	56	108	Brucella suis 1330 chromozom II
αr15	Bs1330r15CI1	gi \| 56968325 \| ref \| NC_004310.3 \|	1380381	1380482	-	51	102	Brucella suis 1330 chromozom I
αr15	Bs1330r15CI2	gi \| 56968325 \| ref \| NC_004310.3 \|	1453011	1453129	-	50	119	Brucella suis 1330 chromozom I
αr15	Ba19941r15CI1	gi \| 62288991 \| ref \| NC_006932.1 \|	1398464	1398565	-	51	102	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom I
αr15	Ba19941r15CI2	gi \| 62288991 \| ref \| NC_006932.1 \|	1471073	1471191	-	50	119	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom I
αr15	Ba19941r15CII	gi \| 62316961 \| ref \| NC_006933.1 \|	508851	508958	-	56	108	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom II
αr15	Bmar15CII	gi \| 83268957 \| ref \| NC_007624.1 \|	508839	508946	-	56	108	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromozom II
αr15	Bmar15CI1	gi \| 82698932 \| ref \| NC_007618.1 \|	1395614	1395715	-	51	102	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromozom I.
αr15	Bmar15CI2	gi \| 82698932 \| ref \| NC_007618.1 \|	1468227	1468345	-	50	119	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromozom I.
αr15	Bor15CI1	gi \| 148558820 \| ref \| NC_009505.1 \|	1387928	1388029	-	50	102	Brucella ovis ATCC 25840 chromozom I
αr15	Bor15CI2	gi \| 148558820 \| ref \| NC_009505.1 \|	1460506	1460624	-	50	119	Brucella ovis ATCC 25840 chromozom I
αr15	Bor15CII	gi \| 148557829 \| ref \| NC_009504.1 \|	709415	709524	+	54	110	Brucella ovis ATCC 25840 chromozom II
αr15	Bmir15CII	gi \| 256014795 \| ref \| NC_013118.1 \|	709102	709209	+	56	108	Brucella microti CCM 4915 chromozom 2
αr15	Bmir15CI1	gi \| 256368465 \| ref \| NC_013119.1 \|	1387776	1387877	-	51	102	Brucella microti CCM 4915 chromozom 1
αr15	Bmir15CI2	gi \| 256368465 \| ref \| NC_013119.1 \|	1461298	1461416	-	50	119	Brucella microti CCM 4915 chromozom 1
αr15	Oar15CI	gi \| 153007346 \| ref \| NC_009667.1 \|	1751482	1751598	+	49	117	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 1
αr15	Oar15CII	gi \| 153010078 \| ref \| NC_009668.1 \|	1270083	1270191	+	56	109	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 2
αr15	Oar15p02	gi \| 153011934 \| ref \| NC_009670.1 \|	22208	22320	+	54	113	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 plazmid pOANT02

Výsledky byly ručně zkontrolovány, aby se odvodila konsensuální sekundární struktura rodiny (obrázek 1 a obrázek 2). S programem locARNATE byla také nezávisle předpovězena struktura konsensu^[6] porovnání získaných předpovědí. Ruční kontrola sekvencí nalezených u CM pomocí Infernal umožnila najít 38 skutečných homologů ve fylogeneticky příbuzných a-proteobakteriálních genomech. 26 nejbližších členů rodiny αr15 bylo nalezeno jako tandem ve stejných chromozomálních IGR pro následující druhy kromě S. melilloti:

Sinorhizobium druh: S. medicae a S. fredii
Rhizobium druh: dva R. leguminosarum kmeny trifolii (WSM304 a WSM35), dva R. etli kmeny CFN 42 a CIAT 652, reference R. leguminosarum bv. kmen viciae 3841
Agrobacterium druh: A. vitis,A. tumefaciens, A. radiobacter a A. H13

Všechny tyto sekvence vykazovaly významné bitové skóre a hodnoty Infernal E (1,71e-28 - 2,03e-20). Nicméně plazmidové kopie všech zmíněných a-proteobakteriálních genomů a těch členů ar15 kódovaných Brucella druh (B. ovis, B. canis, B. abortus, B. microtisa několik biovarů B. melitensis), Ochrobactrum anthropi a Mesorhizobium lotivykazovaly vysoké E-hodnoty mezi (1e-19 a 8e-03), ale velmi nízké bitové skóre.

Obrázek 1: Konsenzuální sekundární struktura Smr15C1, Smr15C2 a rodiny αr15 předpovězená RNA^[7] a RNAalifold.^[8] Smr15C1 a Smr15C2 jsou vybarveny základním schématem pravděpodobnosti. Zbarvení struktury rodiny αr15 sleduje schéma zachování párů bází: Červené: pár bází vyskytující se ve všech sekvencích použitých k vytvoření konsensu; žlutá: vyskytují se dva typy párování bází; Zelená: vyskytují se tři typy párování bází. Stínování párů bází představuje: Nasycené, žádné nekonzistentní sekvence; Bledá, jedna nekonzistentní sekvence; Velmi bledé, dvě nekonzistentní sekvence.

Obrázek 3: Fylogenetická distribuce známých a předpokládaných genů αr9. Genová čísla jsou založena na výpočetní analýze pomocí programu Infernal. Legenda: Smr15C1 = Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047), Smr15C2 = Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047), Smr15A = Sinorhizobium meliloti 1021 plazmid pSymA (NC_003037), Smedr15C1 = Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636), Smedr15C2 = Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636), Smedr15p03 = Sinorhizobium medicae Plazmid WSM419 pSMED03 (NC_009622), Sfr15Cl = Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587), Sfr15C2 = Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587), Sfr15b = Sinorhizobium fredii NGR234 plazmid pNGR234b (NC_012586), Atr15C2 = Agrobacterium tumefaciens str. Kruhový chromozom C58 (NC_003062), Atr15C1 = Agrobacterium tumefaciens str. Kruhový chromozom C58 (NC_003062), AH13r15C2 = Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183), AH13r15C1 = Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183), AH13r15a = Agrobacterium sp. H13-3 plazmid pAspH13-3a (NC_015184), ReCIATr15C2 = Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994), ReCIATr15C1 = Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994), ReCIATr15pC = Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pC (NC_010997), ReCIATr15B = Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pB (NC_010996), Arr15CI2 = Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985), Arr15CI1 = Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985), Arr15CII = Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 2 (NC_011983), Rlt2304r15C2 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369), Rlt2304r15C1 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369), Avr15C2 = Agrobacterium vitis Chromozom S4 1 (NC_011989), Avr15C1 = Agrobacterium vitis Chromozom 2 S4 (NC_011989), Avr15pAtc = Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4c (NC_011984), Avr15Ate = Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4e (NC_011981), Avr15Ti = Agrobacterium vitis S4 plazmid pTiS4 (NC_011982), Rlvr15C2 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380), Rlvr15C1 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380), Rlvr15p10 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL10 (NC_008381), Rlvr15p11 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL11 (NC_008384), Rlt1325r15C2 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850), Rlt1325r15C1 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850), Rlt1325r15p02 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plazmid pR132502 (NC_012858), ReCFNr15C2 = Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761), ReCFNr15C1 = Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761), ReCFNr15d = Rhizobium etli CFN 42 symbiotický plazmid p42d (NC_004041), ReCFNr15a = Rhizobium etli CFN 42 plazmid p42a (NC_007762), Mlr15a = Mesorhizobium loti MAFF303099 plazmid pMLa (NC_002679), Bcr15CII = Brucella canis ATCC 23365 chromozom II (NC_010104), Bcr15CI2 = Brucella canis ATCC 23365 chromozom I (NC_010103), Bcr15CI1 = Brucella canis ATCC 23365 chromozom I (NC_010103), Bs23445r15CI2 = Brucella suis ATCC 23445 chromozom I (NC_010169), Bs23445r15CI1 = Brucella suis ATCC 23445 chromozom I (NC_010169), Bs23445r15CII = Brucella suis ATCC 23445 chromozom II (NC_010167), Bm16MCI = Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom I (NC_003317), Bm16Mr15CII = Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom II (NC_003318), BaS19r15CII = Brucella abortus Chromozom 2 S19 (NC_010740), BaS19r15CI2 = Brucella abortus Chromozom S19 (NC_010742), BaS19r15CI1 = Brucella abortus Chromozom S19 (NC_010742), Bm23457r15CII = Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom II (NC_012442), Bm23457r15CI = Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom I (NC_012441), Bs1330r15CII = Brucella suis 1330 chromozom II (NC_004311), Bs1330r15CI2 = Brucella suis 1330 chromozom I (NC_004310), Bs1330r15CI1 = Brucella suis 1330 chromozomů I (NC_004310), Ba19941r15CI2 = Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom I (NC_006932), Ba19941r15CI1 = Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom I (NC_006932), Ba19941r15CII = Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom II (NC_006933), Bmar15CII = Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromozom II (NC_007624), Bmar15CI2 = Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromozom I (NC_007618), Bmar15CI1 = Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromozom I (NC_007618), Bor15CI2 = Brucella ovis ATCC 25840 chromozom I (NC_009505), Bor15CI1 = Brucella ovis ATCC 25840 chromozom I (NC_009505), Bor15CII = Brucella ovis ATCC 25840 chromozom II (NC_009504), Bmir15CII = Brucella microti CCM 4915 chromozom 2 (NC_013118), Bmr15CI2 = Brucella microti CCM 4915 chromozom 1 (NC_013119), Bmir15CI1 = Brucella microti CCM 4915 chromozom 1 (NC_013119), Oar15CI = Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 1 (NC_009667), Oar15CII = Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 2 (NC_009668).

Vyjádření a funkční informace

Několik studií hodnotilo expresi Smr15C1 a Smr15C2 v S. meliloti 1021 za různých biologických podmínek; tj. růst bakterií v TY, minimálním médiu (MM) a luteolin-MM bujónu a endosymbiotických bakteriích (tj. zralé uzly symbiotické vojtěšky),^[1] vysoký stres solí, oxidační stres a stresy za studena a za tepla.^[3] Výsledky ukázaly různé profily exprese pro obě sRNA,^[1] což je v souladu s jejich organizací v nezávislých a odlišně regulovaných transkripčních jednotkách ve stejné IGR (obrázek 4 a obrázek 5).

Bylo zjištěno, že exprese Smr15C1 a Smr15C2 ve volně žijících bakteriích je závislá na růstu, ale opačným způsobem. Zatímco Smr15C1 se akumuluje ve stacionární fázi, Smr15C2 je. Bylo zjištěno, že exprese Smr15C1 a Smr15C2 ve volně žijících bakteriích je závislá na růstu, ale opačným způsobem. Zatímco Smr15C1 je akumulován ve stacionární fázi, Smr15C2 je přednostně exprimován v logických bakteriálních kulturách.^[1] Schlüter et al.^[4] nedávno popsal regulaci vzestupu Smr15C2 při stresu studeným šokem, zatímco v expresi Smr15C1 nebyly pozorovány žádné účinky posunu teploty. Protikladné profily exprese Smr15C1 a Smr15C2 závislé na růstu nebyly u nich pozorovány Agrobacterium tumefaciens protějšky označované jako AbcR1, respektive AbcR2, Wilms et al. (Atr15C1 a Atr15C2 v této práci). AbcR1 a AbcR2 jsou indukovány současně a oba se akumulují ve stacionární fázi.^[9] Toto chování souhlasí se skutečností, že AbcR1 a AbcR2 mají identické sekvence podobné promotoru, protože jsou velmi podobné sekvenci Smr15C2, ale nikoli promotorové sekvenci Smr15C1 (viz Analýza promotorů ). První přístup k funkci genů AbcR dále odhalil, že tyto sRNA umlčují systém příjmu GABA prostřednictvím down-regulace odpovídajících genů ABC transportéru způsobem závislým na Hfq.^[9] GABA je jedním z rostlinných signálů rozpoznávaných rhizobakteriemi v některých interakcích rostlin a bakterií. Tyto výsledky tedy poukazují na vypínací syntézu absorpčního systému GABA jako způsob, který používá A. tumefaciens k rozvrácení obranného mechanismu rostlin.

Nedávný společný imunoprecipitační experiment^[10] ukázal, že oba, Smr15C1 a Smr15C2, vážou S. meliloti RNA chaperon Hfq, podporující také roli těchto transkriptů v této bakterii jako trans- působící antisense riboregulátory. Bylo také prokázáno, že dolaďují příjem živin.^[11]

Analýza promotorů

Všechny lokusy αr15 mají rozpoznatelné σ⁷⁰-závislé promotory ukazující -35 / -10 konsensuální motiv CTTGAC-n17-CTATAT, který byl dříve prokázán jako široce konzervovaný mezi několika dalšími rody v a-podskupině proteobakterií.^[12] A vícenásobné zarovnání sekvence z těchto promotorových oblastí odhalilo konzervovaný úsek sekvence, který sahal až 80 bp upstream od místa počátečního transkripce ve všech lokusech ar15 s jedinou výjimkou S. meliloti, S.fredii a S. medicae promotory αr15C1.

K identifikaci vazebných míst pro další známé transkripční faktory jsme použili sekvence fasta poskytnuté RegPredict^[13](http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html ) a použili ty matice polohové hmotnosti (PSWM) poskytované společností RegulonDB^[14] (http://regulondb.ccg.unam.mx ). Vytvořili jsme PSWM pro každý transkripční faktor ze sekvencí RegPredict pomocí programu Consensus / Patser, výběrem nejlepší konečné matice pro délky motivů mezi 14–30 bps byla stanovena prahová průměrná hodnota E <10E-10 pro každou matici, (viz „ Prahová shoda "v http://gps-tools2.its.yale.edu ). Kromě toho jsme pomocí MEME hledali konzervované neznámé motivy^[15] (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html ) a použili uvolněné regulární výrazy (tj. porovnávání vzorů) u všech promotorů homologů αr15.

Tyto studie odhalily rozdíl v regulaci mezi S. melilloti, S.fredii a S. medicae αR15C1 sRNA a zbytek členů rodiny αr15 nezávisle na jejich skupině původu (Rhizobium nebo Agrobacterium ) a genomové umístění (αr15C1, αr15C2, αr15plasmid) (obrázek 4).

Zbytek členů rodiny představoval velmi dobře konzervovanou oblast o délce 30 bp mezi pozicemi -36 a -75. Tato konzervovaná oblast byla použita k dotazování databází známých motivů transkripčních faktorů pomocí TomTom^[16] nejlépe vyhovujícím motivem byl SMb20667_Rhizobiales, motiv patřící do RegTransBase (http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main ). Smb20667 odpovídá vazebnému místu pro regulátor metabolismu dikarboxylátu v Rhizobiales, který patří do rodiny LacI. Tento motiv byl identifikován shlukující geny tartarát dehydrogenázy, sukcinát semialdehyd dehydrogenázy, 3-hydroxyisobutyrát dehydrogenázy a hydroxypyruvát isomerázy v S. melilotia několik Rhizobiums a je označen na obrázku pro zarovnání promotoru (obrázek 5) oranžovým rámečkem. Kromě toho byla pomocí MEME nalezena další konzervovaná sekvence v promotorové oblasti Sinorhizobium druh αr15C1. Tato konzervovaná oblast byla použita k dotazování databází známých motivů transkripčních faktorů pomocí TomTom a nejlépe se shodujícím motivem byl SMb20537_Rhizobiales (obrázek 5 červeně), který identifikuje vazebné místo pro regulátor využití cukru v Rhizobiales z rodiny LacI.

Obrázek 5: Grafické znázornění promotorové oblasti 15C seed členů. Všichni členové představili domnělé promotory σ70 s -30 a -10 políčky označenými zeleně a červeně. Zachované motivy jsou označeny rámečky oranžové a červené barvy.

Genomický kontext

Většina členů rodiny ar15 jsou transkódované sRNA transkribované z nezávislých promotorů v chromozomálních IGR. Mnoho ze sousedních genů členů αr15 nebylo anotováno, a proto byly dále ručně kurátorovány.^[17]^[18]^[19] Ve výsledku bychom mohli členy rodiny rozdělit do čtyř podskupin podle jejich genomického kontextu. V první skupině jsou tandemové lokusy αr15C1 a αr15C2 Rhizobium, Sinorhizobium a Agrobacterium druh. Vykazovaly vysoký stupeň ochrany v upstream a downstream genech, u nichž se předpokládá, že kódují transkripční regulátor LysR a protein transkripčního regulátoru AsR (obrázek 5). Jediná výjimka v této skupině byla nalezena pro S. fredii který představoval velmi odlišný genomický kontext. Druhá skupina zahrnuje lokusy αr15CI1 v Brucella Druhy (další soubor 2), které prezentovaly velmi dobře konzervovaný genomický kontext (aspartátaminotransferáza a LysR / neznámý transkripční regulátor) s částečnou synténou první skupině. Velmi odlišný genomový kontext, který ve většině případů není ani částečně konzervativní, byl přítomen ve všech lokusech αr15 přenášených plasmidem (další soubor 1), které integrují definovanou skupinu tři, kde okrajové geny odpovídaly transportním proteinům ABC, excisonase nebo transposase mezi ostatní. Lokality αr15CI2 v Brucella Druhy (další soubor 3) odpovídají skupině čtyři a prezentovaly konzervativní genomický kontext proti směru a dolů, kódující všechny oblasti pro UDP-3-0-hydroxymyristoyl N-acetylglukosamin deacetylázu a protein buněčného dělení FtsZ GTPAse. Poslední skupině odpovídají lokusy αr15CII v Brucella skupina (další soubor 4), kde pouze jeden z genů mohl být anotován vždy jako glycin deshidrogenáza, byla druhá okrajová poloha sRNA většinou pokryta hypotetickým proteinem konzervovaným ve skupině Brucella, ke kterému nemohla být přidána žádná funkční anotace domény, motivu nebo GO přiřazeno.

Obrázek 4: Genomické kontextové schéma Smr15 a jeho nejbližších homologů v jiných organismech. Geny pro αr15 RNA jsou reprezentovány červenými šipkami a přilehlé ORF šipkami v různých barvách v závislosti na jejich funkci produktu (legenda). Čísla označují souřadnice αr15 RNA genu a sousedních ORF v databázi genomu každého organismu. Genové vlákno je znázorněno směrem souboru. Vlevo od obrázku jsou použita identifikační jména, která odpovídají určitému organismu: Legenda: αr15_Smr15C = Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047), αr15_Smedr15C = Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636), αr15_Sfr15C = Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587), αr15_Atr15C = Agrobacterium tumefaciens str. Kruhový chromozom C58 (NC_003062), αr15_AH13r15C = Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183), αr15_ReCIATr15C = Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994), αr15_Arr15CI = Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985), αr15_Rlt2304r15C = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369), αr15_Avr15C = Agrobacterium vitis S4 chromozom 1 (NC_011989), αr15_Rlvr15C = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380), αr15_Rlt1325r15C = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850), αr15_ReCFNr15C = Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761).

Další soubory:

Genomický kontextový graf kopií plazmidu rodiny αr15 Obrázek: Smbr15 1.png
Genomický kontextový graf lokusů αr15CI1 v Brucella skupina Obrázek: Smbr15 2.png
Genomický kontextový graf lokusů αr15CI2 v Brucella skupina Obrázek: Smbr15 3.png
Genomický kontextový graf lokusů αr15CII v Brucella skupina Obrázek: Smbr15 4.png

Tabulka 2: Podrobné genomové kontextové informace členů zárodku sRNA αr15.
Rodina	Typ funkce	Název funkce	Pramen	Začít	Konec	Název proteinu	Anotace	Organismus
αr15_Smr15C	gen	SMc01226	R	1698201	1698491	NP_385671.1	transkripční regulátorový protein	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smr15C	sRNA	Smr15C1	R	1698617	1698731	-	sRNA	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smr15C	sRNA	Smr15C2	R	1698817	1698937	-	sRNA	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smr15C	gen	SMc01225	R	1699144	1700052	NP_385672.1	transkripční regulátorový protein	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smed15C	gen	Smed_1246	R	1336608	1336898	YP_001326931.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636)
αr15_Smed15C	sRNA	Smedr15C1	R	1337011	1337126	-	sRNA	Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636)
αr15_Smed15C	sRNA	Smedr15C2	R	1337212	1337331	-	sRNA	Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636)
αr15_Smed15C	gen	Smed_1247	R	1337537	1338433	YP_001326932.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Sinorhizobium medicae Chromozom WSM419 (NC_009636)
αr15_Rlt2304r15C	gen	Rleg2_2722	D	2769491	2770402	YP_002282219.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369)
αr15_Rlt2304r15C	sRNA	Rlt2304r15C1	D	2770612	2770727	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369)
αr15_Rlt2304r15C	sRNA	Rlt2304r15C2	D	2770835	2770949	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369)
αr15_Rlt2304r15C	gen	Rleg2_2723	D	2771064	2771357	YP_002282220.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromozom (NC_011369)
αr15_Rlt1325r15C	gen	Rleg_2983	D	2980263	2981174	YP_002976781.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_Rlt1325r15C	sRNA	Rlt1325r15C1	D	2981275	2981390	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_Rlt1325r15C	sRNA	Rlt1325r15C2	D	2981499	2981613	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_Rlt1325r15C	gen	Rleg_2984	D	2981728	2982021	YP_002976782.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_ReCFNr15C	gen	RHE_CH02976	D	3116670	3117566	YP_470470.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCFNr15C	sRNA	ReCFNr15C1	D	3117667	3117782	-	sRNA	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCFNr15C	sRNA	ReCFNr15C2	D	3117890	3118004	-	sRNA	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCFNr15C	gen	RHE_CH02977	D	3118119	3118412	YP_470471.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCIATr15C	gen	RHECIAT_CH0003143	D	3154220	3155116	YP_001979269.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_ReCIATr15C	sRNA	ReCIATr15C1	D	3155217	3155332	-	sRNA	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_ReCIATr15C	sRNA	ReCIATr15C2	D	3155440	3155555	-	sRNA	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_ReCIATr15C	gen	RHECIAT_CH0003144	D	3155652	3155963	YP_001979270.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_Rlvr15C	gen	RL3429	D	3604478	3605389	YP_769009.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Rlvr15C	sRNA	Rlvr15C1	D	3605490	3605605	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Rlvr15C	sRNA	Rlvr15C2	D	3605714	3605829	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Rlvr15C	gen	RL3430	D	3605944	3606237	YP_769010.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Sfr15C	gen	NGR_c15610	R	1611431	1612354	YP_002826082.1	lytická transglykosyláza katalytická	Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587)
αr15_Sfr15C	sRNA	SFR15C1	R	1612511	1612626	-	sRNA	Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587)
αr15_Sfr15C	sRNA	SFR15C2	R	1612711	1612830	-	sRNA	Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587)
αr15_Sfr15C	gen	NGR_c15640	R	1612866	1612961	YP_002826083.1	hypotetický protein	Sinorhizobium fredii Chromozom NGR234 (NC_012587)
αr15_Arr15CI	gen	Arad_3145	D	2505179	2506090	YP_002545096.1	transkripční regulátorový protein	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985)
αr15_Arr15CI	sRNA	Arr15CI1	D	2506215	2506331	-	sRNA	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985)
αr15_Arr15CI	sRNA	Arr15CI2	D	2506418	2506534	-	sRNA	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985)
αr15_Arr15CI	gen	Arad_3147	D	2506657	2506950	YP_002545097.1	transkripční regulátorový protein	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 1 (NC_011985)
αr15_AH13r15C	gen	AGROH133_07649	D	2111723	2112625	YP_004279410.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183)
αr15_AH13r15C	sRNA	AH13r15C1	D	2112823	2112939	-	sRNA	Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183)
αr15_AH13r15C	sRNA	AH13r15C2	D	2113023	2113121	-	sRNA	Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183)
αr15_AH13r15C	gen	AGROH133_07651	D	2113201	2113515	YP_004279411.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Agrobacterium sp. Chromozom H13-3 (NC_015183)
αr15_Atr15C	gen	Atu2186	D	2162154	2163056	NP_355147.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Agrobacterium tumefaciens Kruhový chromozom C58 (NC_003062)
αr15_Atr15C	sRNA	Atr15C1	D	2163254	2163370	-	sRNA	Agrobacterium tumefaciens Kruhový chromozom C58 (NC_003062)
αr15_Atr15C	sRNA	Atr15C2	D	2163454	2163554	-	sRNA	Agrobacterium tumefaciens Kruhový chromozom C58 (NC_003062)
αr15_Atr15C	gen	Atu2187	D	2163657	2163947	NP_355148.2	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Agrobacterium tumefaciens Kruhový chromozom C58 (NC_003062)
αr15_Avr15CI	gen	Avi_3141	D	2607436	2608350	YP_002550262.1	Regulátor transkripce rodiny LysR	Agrobacterium vitis Chromozom S4 1 (NC_011989)
αr15_Avr15CI	sRNA	Avr15CI1	D	2608532	2608647	-	sRNA	Agrobacterium vitis Chromozom S4 1 (NC_011989)
αr15_Avr15CI	sRNA	Avr15CI2	D	2608739	2608839	-	sRNA	Agrobacterium vitis Chromozom S4 1 (NC_011989)
αr15_Avr15CI	gen	Avi_3142	D	2608951	2609238	YP_002550263.1	Regulátor transkripce rodiny ArsR	Agrobacterium vitis Chromozom S4 1 (NC_011989)
αr15_ReCFNr15a	gen	RHE_PA00141	D	152078	157177	YP_471730.1	n-6 DNA methyláza	Rhizobium etli CFN 42 plazmid p42a (NC_007762)
αr15_ReCFNr15a	sRNA	ReCFNr15a	D	157296	157409	-	sRNA	Rhizobium etli CFN 42 plazmid p42a (NC_007762)
αr15_ReCFNr15a	gen	RHE_PA00143	D	157744	159486	YP_471732.1	plazmidový dělící protein	Rhizobium etli CFN 42 plazmid p42a (NC_007762)
αr15_ReCIATr15B	gen	RHECIAT_PB0000171	R	187267	187788	YP_001984434.1	excisonase protein	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pB (NC_010996)
αr15_ReCIATr15B	sRNA	ReCIATr15B	R	187927	188041	-	sRNA	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pB (NC_010996)
αr15_ReCIATr15B	gen	RHECIAT_PB0000172	R	188226	189416	YP_001984435.1	hypotetický protein	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pB (NC_010996)
αr15_Avr15Atc	gen	Avi_9155	D	121509	122600	YP_002542647.1	Alfa řetězec DNA polymerázy III	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4c (NC_011984)
αr15_Avr15Atc	sRNA	Avr15Atc	R	122624	122736	-	sRNA	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4c (NC_011984)
αr15_Avr15Atc	gen	Avi_9156	D	123011	123358	YP_002542648.1	podjednotka helikázy komplexu pro opravu excize DNA	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4c (NC_011984)
αr15_ReCFNr15d	gen	RHE_PD00155	R	172105	172731	NP_659882.1	excisonase protein	Rhizobium etli CFN 42 symbiotický plazmid p42d (NC_004041)
αr15_ReCFNr15d	sRNA	ReCFNr15d	R	172760	172874	-	sRNA	Rhizobium etli CFN 42 symbiotický plazmid p42d (NC_004041)
αr15_ReCFNr15d	gen	RHE_PD00156	R	173058	174248	NP_659881.2	hypotetický protein	Rhizobium etli CFN 42 symbiotický plazmid p42d (NC_004041)
αr15_Avr15Ate	gen	Avi_7235	D	198046	198699	YP_002539630.1	ABC transportní membrána překlenující protein	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4e (NC_011981)
αr15_Avr15Ate	sRNA	Avr15Ate	D	198928	199039	-	sRNA	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4e (NC_011981)
αr15_Avr15Ate	gen	Avi_7237	D	199739	200020	YP_002539631.1	transposáza	Agrobacterium vitis S4 plazmid pAtS4e (NC_011981)
αr15_AH13r15a	gen	AGROH133_14527	R	210807	211133	YP_004280311.1	Regulátor transkripce rodiny XRE	Agrobacterium sp. H13-3 plazmid pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_AH13r15a	gen	AGROH133_14529	R	211195	211713	-	toxin závislostního modulu	Agrobacterium sp. H13-3 plazmid pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_AH13r15a	sRNA	AH13r15a	R	211698	211807	-	sRNA	Agrobacterium sp. H13-3 plazmid pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_AH13r15a	gen	AGROH133_14530	R	211828	212286	YP_004280313.1	hypotetický protein	Agrobacterium sp. H13-3 plazmid pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_Smedr15p03	gen	Smed_6375	R	39464	39784	YP_001314894.1	Regulátor transkripce rodiny XRE	Sinorhizobium medicae Plazmid WSM419 pSMED03 (NC_009622)
αr15_Smedr15p03	sRNA	Smedr15p03	R	40054	40165	-	sRNA	Sinorhizobium medicae WSM419 plazmid pSMED03 (NC_009622)
αr15_Smedr15p03	gen	Smed_6376	D	40123	40425	-	hypotetický protein	Sinorhizobium medicae Plazmid WSM419 pSMED03 (NC_009622)
αr15_Avr15Ti	gen	Avi_8074	R	51395	51682	YP_002540018.1	Regulátor transkripce rodiny XRE	Agrobacterium vitis S4 plazmid pTiS4 (NC_011982)
αr15_Avr15Ti	sRNA	Avr15Ti	R	52286	52397	-	sRNA	Agrobacterium vitis S4 plazmid pTiS4 (NC_011982)
αr15_Avr15Ti	gen	Avi_8076	D	52672	53013	YP_002540020.1	podjednotka helikázy komplexu pro opravu excize DNA	Agrobacterium vitis S4 plazmid pTiS4 (NC_011982)
αr15_Rlt1325r15p02	gen	Rleg_6607	D	35260	35928	YP_002984610.1	hypotetický protein	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plazmid pRt132502 (NC_012858)
αr15_Rlt1325r15p02	sRNA	Rlt1325r15p02	D	36176	36289	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plazmid pRt132502 (NC_012858)
αr15_Rlt1325r15p02	gen	Rleg_6608	D	36740	37528	YP_002984611.1	Exonukleáza RNáza T a DNA polymeráza II	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plazmid pRt132502 (NC_012858)
αr15_Sfr15b	gen	NGR_b01430	D	133718	133900	YP_002822362.1	hypotetický protein	Sinorhizobium fredii NGR234 plazmid pNGR234b (NC_012586)
αr15_Sfr15b	sRNA	Sfr15b	R	134078	134190	-	sRNA	Sinorhizobium fredii NGR234 plazmid pNGR234b (NC_012586)
αr15_Sfr15b	gen	NGR_b01450	R	134349	136811	YP_002822364.1	diguanylátcykláza fosfodiesteráza se senzorem pas pac	Sinorhizobium fredii NGR234 plazmid pNGR234b (NC_012586)
αr15_Rlvr15p11	gen	pRL110525	R	566752	566955	YP_771559.1	hypotetický protein	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL11 (NC_008384)
αr15_Rlvr15p11	sRNA	Rlvr15p11	R	567053	567166	-	sRNA	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL11 (NC_008384)
αr15_Rlvr15p11	gen	pRL110526	R	567397	568065	YP_771560.1	hypotetický protein	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plazmid pRL11 (NC_008384)
αr15_Oar15p02	gen	Oant_4749	D	21546	21971	YP_001373166.1	Protein obsahující doménu PilT	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 plazmid pOANT02 (NC_009670)
αr15_Oar15p02	sRNA	Oar15p02	D	22208	22320	-	sRNA	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 plazmid pOANT02 (NC_009670)
αr15_Oar15p02	gen	Oant_4750	D	22661	24454	YP_001373167.1	plazmidový dělící protein	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 plazmid pOANT02 (NC_009670)
αr15_Mlr15a	gen	msl9071	R	64650	64817	NP_085644.1	hypotetický protein	Mesorhizobium loti MAFF303099 plazmid pMLa (NC_002679)
αr15_Mlr15a	sRNA	Mlr15a	R	65044	65154	-	sRNA	Mesorhizobium loti MAFF303099 plazmid pMLa (NC_002679)
αr15_Mlr15a	gen	msl9074	R	65712	66008	NP_085645.1	hypotetický protein	Mesorhizobium loti MAFF303099 plazmid pMLa (NC_002679)
αr15_Smr15A	gen	SMa0995	R	551249	552481	NP_435782.1	transposáza	Sinorhizobium meliloti 1021 plazmid pSymA (NC_003037)
αr15_Smr15A	sRNA	Smr15A	D	552873	552984	-	sRNA	Sinorhizobium meliloti 1021 plazmid pSymA (NC_003037)
αr15_Smr15A	gen	SMa0997	D	553196	553492	NP_435783.1	transposáza	Sinorhizobium meliloti 1021 plazmid pSymA (NC_003037)
αr15_Arr15CII	gen	Arad_8155	D	1010459	1011472	YP_002541089.1	hypotetický protein	Agrobacterium radiobacter K84 chromozom 2 (NC_011983)
αr15_Arr15CII	sRNA	Arr15CII	R	1011511	1011624	-	sRNA	Agrobacterium radiobacter K84 hromosome 2 (NC_011983)
αr15_Arr15CII	gen	Arad_8157	D	1012367	1013791	YP_002541091.1	monooxygenázový protein	Agrobacterium radiobacter K84 hromosome 2 (NC_011983)
αr15_Oar15CI	gen	Oant_1670	R	1750252	1751097	YP_001370215.1	metalofosfoesteráza	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 1 (NC_009667)
αr15_Oar15CI	sRNA	Oar15CI	D	1751482	1751598	-	sRNA	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 1 (NC_009667)
αr15_Oar15CI	gen	Oant_1671	D	1752063	1753466	YP_001370216.1	RNA-řízená DNA polymeráza	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 1 (NC_009667)
αr15_ReCIATr15pC	gen	RHECIAT_PC0000855	R	938497	939639	YP_001985475.1	acyltransferáza 3	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pC (NC_010997)
αr15_ReCIATr15pC	sRNA	ReCIATr15pC	D	941345	941452	-	sRNA	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pC (NC_010997)
αr15_ReCIATr15pC	gen	RHECIAT_PC0000856	R	941811	945572	YP_001985476.1	protein vázající vápník hemolyzinového typu	Rhizobium etli CIAT 652 plazmid pC (NC_010997)
αr15_Oar15CII	gen	Oant_3861	R	1269354	1269818	YP_001372395.1	hypotetický protein	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 2 (NC_009668)
αr15_Oar15CII	sRNA	Oar15CII	D	1270083	1270191	-	sRNA	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 2 (NC_009668)
αr15_Oar15CII	gen	Oant_3862	R	1270409	1273222	YP_001372396.1	glycin dehydrogenáza	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 chromozom 2 (NC_009668)
αr15_Bm23445r15CII	gen	BSUIS_B0713	R	695738	695851	YP_001622510.1	hypotetický protein	Brucella suis ATCC 23445 chromozom II (NC_010167)
αr15_Bm23445r15CII	sRNA	Bm23445r15CII	D	696081	696188	-	sRNA	Brucella suis ATCC 23445 chromozom II (NC_010167)
αr15_Bm23445r15CII	gen	BSUIS_B0714	D	696129	696196	-	neznámý	Brucella suis ATCC 23445 chromozom II (NC_010167)
αr15_Bm23445r15CII	gen	BSUIS_B0715	R	696787	699585	YP_001622511.1	glycin dehydrogenáza	Brucella suis ATCC 23445 chromozom II (NC_010167)
αr15_Bm16Mr15CII	gen	BMEII0561	D	586104	588902	NP_541539.1	glycin dehydrogenáza	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom II (NC_003318)
αr15_Bm16Mr15CII	sRNA	Bm16Mr15CII	R	589501	589608	-	sRNA	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom II (NC_003318)
αr15_Bm16Mr15CII	gen	BMEII0562	D	589690	589950	NP_541540.1	hypotetický protein	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromozom II (NC_003318)
αr15_BaS19r15CII	gen	BAbS19_II04850	D	504658	507456	YP_001932428.1	glycin dehydrogenáza	Brucella abortus Chromozom 2 S19 (NC_010740)
αr15_BaS19r15CII	sRNA	BaS19r15CII	R	508055	508162	-	sRNA	Brucella abortus Chromozom 2 S19 (NC_010740)
αr15_BaS19r15CII	gen	BAbS19_II04860	D	508392	508505	YP_001932429.1	hypotetický protein	Brucella abortus Chromozom 2 S19 (NC_010740)
αr15_Bm23457r15CII	gen	BMEA_B0698	D	686472	686966	YP_002734467.1	transkripční aktivátor prolin dehydrogenázy	Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom II (NC_012442)
αr15_Bm23457r15CII	sRNA	Bm23457r15CII	D	687290	687397	-	sRNA	Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom II (NC_012442)
αr15_Bm23457r15CII	gen	BMEA_B0701	R	687996	690794	YP_002734468.1	glycin dehydrogenáza	Brucella melitensis ATCC 23457 chromozom II (NC_012442)
αr15_Bmir15CII	gen	BMI_II717	R	708784	709020	YP_003105497.1	hypotetický protein	Brucella microti CCM 4915 chromozom 2 (NC_013118)
αr15_Bmir15CII	sRNA	Bmir15CII	D	709102	709209	-	sRNA	Brucella microti CCM 4915 chromozom 2 (NC_013118)
αr15_Bmir15CII	gen	BMI_II718	R	709832	712630	YP_003105498.1	glycin dehydrogenáza	Brucella microti CCM 4915 chromozom 2 (NC_013118)
αr15_Bs1330r15CII	gen	BRA0724	R	707842	707955	NP_699901.1	hypotetický protein	Brucella suis 1330 chromozom II (NC_004311)
αr15_Bs1330r15CII	sRNA	Bs1330r15CII	D	708185	708292	-	sRNA	Brucella suis 1330 chromozom II (NC_004311)
αr15_Bs1330r15CII	gen	BRA0725	R	708891	711689	NP_699902.1	glycin dehydrogenáza	Brucella suis 1330 chromozom II (NC_004311)
αr15_Ba19941r15CII	gen	BruAb2_0506	D	505454	508252	YP_223286.1	glycin dehydrogenáza	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom II (NC_006933)
αr15_Ba19941r15CII	sRNA	Ba19941r15CII	R	508851	508958	-	sRNA	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom II (NC_006933)
αr15_Ba19941r15CII	gen	BruAb2_0507	D	509188	509301	YP_223287.1	hypotetický protein	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromozom II (NC_006933)
αr15_Bmαr15CII	gen	BAB2_0515	D	505442	508240	YP_418705.1	glycin dehydrogenáza	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome II (NC_007624)
αr15_Bmαr15CII	sRNA	Bmαr15CII	R	508839	508946	-	sRNA	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome II (NC_007624)
αr15_Bmαr15CII	gen	BAB2_0516	D	509028	509264	YP_418706.1	hypotetický protein	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome II (NC_007624)
αr15_Bcr15CII	gen	BCAN_B0729	D	706646	707140	YP_001594668.1	proline dehydrogenase transcriptional activator	Brucella canis ATCC 23365 chromosome II (NC_010104)
αr15_Bcr15CII	sRNA	Bcr15CII	D	707465	707572	-	sRNA	Brucella canis ATCC 23365 chromosome II (NC_010104)
αr15_Bcr15CII	gen	BCAN_B0730	R	708171	710969	YP_001594669.1	glycin dehydrogenáza	Brucella canis ATCC 23365 chromosome II (NC_010104)
αr15_Bor15CI2	gen	BOV_1448	D	1459218	1460420	YP_001259376.1	aspartátaminotransferáza	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)
αr15_Bor15CI2	sRNA	Bor15CI2	R	1460506	1460624	-	sRNA	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)
αr15_Bor15CI2	gen	BOV_1449	R	1460890	1461795	YP_001259377.1	LysR family transcriptional regulator	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)
αr15_Bcr15CI2	gen	BCAN_A1532	D	1450681	1451883	YP_001593329.1	aspartátaminotransferáza	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI2	sRNA	Bcr15CI2	R	1451969	1452087	-	sRNA	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI2	gen	BCAN_A1535	R	1452353	1453258	YP_001593332.1	transcription regulator protein	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bmir15CI2	gen	BMI_I1510	D	1460010	1461212	YP_003107423.1	aspartátaminotransferáza	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI2	sRNA	Bmir15CI2	R	1461298	1461416	-	sRNA	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI2	gen	BMI_I1512	R	1461682	1462587	YP_003107425.1	LysR family transcriptional regulator	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bs1330r15CI2	gen	BR1495	D	1451723	1452925	NP_698491.1	aspartátaminotransferáza	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI2	sRNA	Bs1330r15CI2	R	1453011	1453129	-	sRNA	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI2	gen	BR1498	R	1453395	1454300	NP_698494.1	LysR family transcriptional regulator	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Bor15CII	sRNA	Bor15CII	D	709415	709524	-	sRNA	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome II (NC_009504)
αr15_Bor15CII	gen	BOV_A0677	R	704750	708432	-	proline dehydrogenase transcriptional activator	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome II (NC_009504)
αr15_Bor15CII	gen	BOV_A0679	R	710122	712920	YP_001257680.1	glycine dehydrogenas	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome II (NC_009504)
αr15_Bm23445r15CI2	gen	BSUIS_A1552	D	1472504	1473706	YP_001628154.1	aspartátaminotransferáza	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI2	sRNA	Bm23445r15CI2	R	1473791	1473909	-	sRNA	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI2	gen	BSUIS_A1554	R	1474175	1475080	YP_001628156.1	hypotetický protein	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_BaS19r15CI2	gen	BAbS19_I14120	D	1468120	1469322	YP_001935379.1	aspartátaminotransferáza	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI2	sRNA	BaS19r15CI2	R	1469407	1469525	-	sRNA	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI2	gen	BAbS19_I14130	D	1469632	1469739	YP_001935380.1	hypotetický protein	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_Ba19941r15CI2	gen	BruAb1_1488	D	1469786	1470988	YP_222177.1	aspartátaminotransferáza	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI2	sRNA	Ba19941r15CI2	R	1471073	1471191	-	sRNA	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI2	gen	BruAb1_1490	D	1471190	1471405	YP_222179.1	hypotetický protein	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Bmαr15CI2	gen	BAB1_1514	D	1466940	1468142	YP_414880.1	aspartátaminotransferáza	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI2	sRNA	Bmαr15CI2	R	1468227	1468345	-	sRNA	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI2	gen	BAB1_1516	D	1468344	1468559	YP_414882.1	hypotetický protein	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Bcr15CI1	gen	BCAN_A1457	R	1377955	1378815	YP_001593259.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI1	sRNA	Bcr15CI1	R	1379297	1379398	-	sRNA	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI1	sRNA	BCAN_A1458	R	1379355	1381055	YP_001593260.1	cell division protein Fts	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI1	gen	BCAN_A1459	R	1381152	1382474	YP_001593261.1	cell division protein Fts	Brucella canis ATCC 23365 chromosome I (NC_010103)
αr15_Bm23445r15CI1	gen	BSUIS_A1476	D	1400706	1400831	YP_001628084.1	hypotetický protein	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI1	sRNA	Bm23445r15CI1	R	1401085	1401186	-	sRNA	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI1	gen	BSUIS_A1477	R	1401143	1402843	YP_001628085.1	cell division protein Fts	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI1	gen	BSUIS_A1478	R	1402940	1404262	YP_001628086.1	cell division protein Fts	Brucella suis ATCC 23445 chromosome I (NC_010169)
αr15_Bm16Mr15CI	gen	BMEI0585	D	606025	607641	NP_539502.1	cell division protein Fts	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromosome I (NC_003317)
αr15_Bm16Mr15CI	sRNA	Bm16Mr15CI	D	607684	607785	-	sRNA	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromosome I (NC_003317)
αr15_Bm16Mr15CI	gen	BMEI0586	D	608267	609127	NP_539503.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella melitensis bv. 1 str. 16M chromosome I (NC_003317)
αr15_BaS19r15CI1	gen	BAbS19_I13490	R	1395452	1396312	YP_001935318.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI1	gen	BAbS19_I13500	R	1396852	1398552	YP_001935319.1	cell division protein Fts	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI1	sRNA	BaS19r15CI1	R	1396794	1396895	-	sRNA	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI1	gen	BAbS19_I13510	R	1398649	1399971	YP_001935320.1	heat shock protein Hsp7	Brucella abortus S19 chromosome 1 (NC_010742)
αr15_Bm23457r15CI	gen	BMEA_A1472	R	1399299	1400159	YP_002733139.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella melitensis ATCC 23457 chromosome I (NC_012441)
αr15_Bm23457r15CI	sRNA	Bm23457r15CI	R	1400641	1400742	-	sRNA	Brucella melitensis ATCC 23457 chromosome I (NC_012441)
αr15_Bm23457r15CI	gen	BMEA_A1473	R	1400699	1402399	YP_002733140.1	cell division protein Fts	Brucella melitensis ATCC 23457 chromosome I (NC_012441)
αr15_Bm23457r15CI	gen	BMEA_A1474	R	1402496	1403818	YP_002733141.1	cell division protein Fts	Brucella melitensis ATCC 23457 chromosome I (NC_012441)
αr15_Bmir15CI1	gen	BMI_I1436	R	1386434	1387294	YP_003107351.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI1	sRNA	Bmir15CI1	R	1387776	1387877	-	sRNA	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI1	gen	BMI_I1437	R	1387834	1389534	YP_003107352.1	cell division protein Fts	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI1	gen	BMI_I1438	R	1389631	1390953	YP_003107353.1	cell division protein Fts	Brucella microti CCM 4915 chromosome 1 (NC_013119)
αr15_Bs1330r15CI1	gen	BR1424	R	1379039	1379899	NP_698422.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI1	sRNA	Bs1330r15CI1	R	1380381	1380482	-	sRNA	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI1	gen	BR1425	R	1380439	1382139	NP_698423.1	cell division protein Fts	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI1	gen	BR1426	R	1382236	1383558	NP_698424.1	cell division protein Fts	Brucella suis 1330 chromosome I (NC_004310)
αr15_Ba19941r15CI1	gen	BruAb1_1419	R	1397122	1397982	YP_222110.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI1	sRNA	Ba19941r15CI1	R	1398464	1398565	-	sRNA	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI1	gen	BruAb1_1420	R	1398522	1400222	YP_222111.1	cell division protein Fts	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI1	gen	BruAb1_1421	R	1400319	1401641	YP_222112.1	cell division protein Fts	Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 chromosome I (NC_006932)
αr15_Bmαr15CI1	gen	BAB1_1443	R	1394272	1395132	YP_414815.1	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI1	sRNA	Bmαr15CI1	R	1395614	1395715	-	sRNA	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI1	gen	BAB1_1444	R	1395672	1397372	YP_414816.1	cell division protein Fts	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI1	gen	BAB1_1445	R	1397469	1398791	YP_414817.1	heat shock protein Hsp7	Brucella melitensis biovar Abortus 2308 chromosome I (NC_007618)
αr15_Jspr15C	gen	mma_2445	R	2769080	2769601	YP_001354135.1	phosphinothricin N-acetyltransferas	Janthinobacterium sp. Marseille (NC_009659)
αr15_Jspr15C	sRNA	Jspr15C	R	2769681	2769776	-	sRNA	Janthinobacterium sp. Marseille (NC_009659)
αr15_Jspr15C	gen	mma_2446	R	2769784	2770767	YP_001354136.1	tricarboxylate binding receptor	Janthinobacterium sp. Marseille (NC_009659)
αr15_Bor15CI1	gen	BOV_1381	D	1387334	1387726	YP_001259317.1	transposase Orf	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)
αr15_Bor15CI1	sRNA	Bor15CI1	R	1387928	1388029	-	sRNA	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)
αr15_Bor15CI1	gen	BOV_1382	R	1387986	1389686	YP_001259318.1	cell division protein Fts	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)
αr15_Bor15CI1	gen	BOV_1383	R	1389783	1391105	YP_001259319.1	cell division protein Fts	Brucella ovis ATCC 25840 chromosome I (NC_009505)

Reference

^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F del Val C, Rivas E, Torres-Quesada O, Toro N, Jiménez-Zurdo JI (December 2007). "Identification of differentially expressed small non-coding RNAs in the legume endosymbiont Sinorhizobium meliloti by comparative genomics". Molekulární mikrobiologie. 66 (5): 1080–91. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05978.x. PMC 2780559. PMID 17971083.
^ Ulvé VM, Sevin EW, Chéron A, Barloy-Hubler F (December 2007). "Identification of chromosomal alpha-proteobacterial small RNAs by comparative genome analysis and detection in Sinorhizobium meliloti strain 1021". BMC Genomics. 8 (467): 467. doi:10.1186/1471-2164-8-467. PMC 2245857. PMID 18093320.
^ ^A ^b Valverde C, Livny J, Schlüter JP, Reinkensmeier J, Becker A, Parisi G (September 2008). "Prediction of Sinorhizobium meliloti sRNA genes and experimental detection in strain 2011". BMC Genomics. 9 (406): 416. doi:10.1186/1471-2164-9-416. PMC 2573895. PMID 18793445.
^ ^A ^b Córdoba JM, Chavarro C, Schlueter JA, Jackson SA, Blair MW (July 2010). "Integration of physical and genetic maps of common bean through BAC-derived microsatellite markers". BMC Genomics. 11 (245): 436. doi:10.1186/1471-2164-11-436. PMC 3091635. PMID 20637113.
^ Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR (květen 2009). „Infernal 1.0: inference of RNA alignments“. Bioinformatika. 25 (10): 1335–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btp157. PMC 2732312. PMID 19307242.
^ Will S, Reiche K, Hofacker IL, Stadler PF, Backofen R (2007). "Odvození nekódujících rodin a tříd RNA pomocí shlukování na základě struktury genomu". PLoS Comput Biol. 4 (65): e65. doi:10,1371 / journal.pcbi.0030065. PMC 1851984. PMID 17432929.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
^ I. L. Hofacker, W. Fontana, P. F. Stadler, L. S. Bonhoeffer, M. Tacker and P. Schuster (1994). "Rychlé skládání a srovnání sekundárních struktur RNA". Monatshefte für Chemie. 125 (2): 167–188. doi:10.1007 / BF00818163.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
^ Bernhart SH, Hofacker IL, Will S, Gruber AR, Stadler PF (November 2008). „RNAalifold: vylepšená předpověď konsensuální struktury pro zarovnání RNA“. BMC bioinformatika. 9 (474): 474. doi:10.1186/1471-2105-9-474. PMC 2621365. PMID 19014431.
^ ^A ^b Wilms I, Voss B, Hess WR, Leichert LI, Narberhaus F (April 2011). "Small RNA-mediated control of the Agrobacterium tumefaciens GABA binding protein". Molekulární mikrobiologie. 80 (2): 492–506. doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07589.x. PMID 21320185.
^ Torres-Quesada O, Oruezabal RI, Peregrina A, Jofre E, Lloret J, Rivilla R, Toro N, Jiménez-Zurdo JI (2010). „The Sinorhizobium meliloti RNA chaperone Hfq influences central carbon metabolism and the symbiotic interaction with alfalfa" (PDF). BMC Microbiol. 6.
^ Torres-Quesada O, Millán V, Nisa-Martínez R, Bardou F, Crespi M, Toro N, Jiménez-Zurdo JI (2013-07-15). "Independent activity of the homologous small regulatory RNAs AbcR1 and AbcR2 in the legume symbiont Sinorhizobium meliloti". PLOS One. 8 (7): e68147. doi:10.1371/journal.pone.0068147. PMC 3712013. PMID 23869210.
^ MacLellan SR, MacLean AM, Finan TM (June 2006). „Predikce promotéra v rhizobii“. Mikrobiologie. 152 (Pt 6): 1751–63. doi:10.1099 / mic.0.28743-0. PMID 16735738.
^ Novichkov PS, Rodionov DA, Stavrovskaya ED, Novichkova ES, Kazakov AE, Gelfand MS, Arkin AP, Mironov AA, Dubchak I (July 2010). „RegPredict: integrovaný systém pro odvození regulonu u prokaryot podle komparativního genomického přístupu“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Web Server issue): W299–307. doi:10.1093 / nar / gkq531. PMC 2896116. PMID 20542910.
^ Gama-Castro S, Salgado H, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Muñiz-Rascado L, Solano-Lira H, Jimenez-Jacinto V, Weiss V, García-Sotelo JS, López-Fuentes A, Porrón-Sotelo L, Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Miranda-Ríos J, Huerta AM, Mendoza-Vargas A, Collado-Torres L, Taboada B, Vega-Alvarado L, Olvera M, Olvera L, Grande R, Morett E, Collado-Vides J (January 2011). „RegulonDB verze 7.0: transkripční regulace Escherichia coli K-12 integrovaná do jednotek genetické senzorické odezvy (jednotky Gensor)“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Database issue): D98–105. doi:10.1093 / nar / gkq1110. PMC 3013702. PMID 21051347.
^ Bailey TL, Elkan C (1994). "Přizpůsobení modelu směsi maximalizací očekávání k objevení motivů v biopolymerech". Sborník z druhé mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. AAAI Press, Menlo Park, Kalifornie: 28–36.
^ Gupta S, Stamatoyannopoulos JA, Bailey TL, Noble WS (2007). "Quantifying similarity between motifs". Genome Biology. 8 (2): R24. doi:10.1186/gb-2007-8-2-r24. PMC 1852410. PMID 17324271.
^ Vinayagam A, del Val C, Schubert F, Eils R, Glatting KH, Suhai S, König R (March 2006). „GOPET: nástroj pro automatizované předpovědi termínů genové ontologie“. BMC bioinformatika. 7: 161. doi:10.1186/1471-2105-7-161. PMC 1434778. PMID 16549020.
^ Conesa A, Götz S, García-Gómez JM, Terol J, Talón M, Robles M (September 2005). „Blast2GO: univerzální nástroj pro anotaci, vizualizaci a analýzu ve výzkumu funkční genomiky“. Bioinformatika. 21 (18): 3674–6. doi:10.1093 / bioinformatika / bti610. PMID 16081474.
^ del Val C, Ernst P, Falkenhahn M, Fladerer C, Glatting KH, Suhai S, Hotz-Wagenblatt A (July 2007). „ProtSweep, 2Dsweep a DomainSweep: sada pro analýzu proteinů na DKFZ“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (Problém s webovým serverem): W444–50. doi:10.1093 / nar / gkm364. PMC 1933246. PMID 17526514.

[Val0-1] A ^b ^C ^d ^E ^F del Val C, Rivas E, Torres-Quesada O, Toro N, Jiménez-Zurdo JI (December 2007). "Identification of differentially expressed small non-coding RNAs in the legume endosymbiont Sinorhizobium meliloti by comparative genomics". Molekulární mikrobiologie. 66 (5): 1080–91. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05978.x. PMC 2780559. PMID 17971083.

[ulve-2] Ulvé VM, Sevin EW, Chéron A, Barloy-Hubler F (December 2007). "Identification of chromosomal alpha-proteobacterial small RNAs by comparative genome analysis and detection in Sinorhizobium meliloti strain 1021". BMC Genomics. 8 (467): 467. doi:10.1186/1471-2164-8-467. PMC 2245857. PMID 18093320.

[valverde-3] A ^b Valverde C, Livny J, Schlüter JP, Reinkensmeier J, Becker A, Parisi G (September 2008). "Prediction of Sinorhizobium meliloti sRNA genes and experimental detection in strain 2011". BMC Genomics. 9 (406): 416. doi:10.1186/1471-2164-9-416. PMC 2573895. PMID 18793445.

[schluter-4] A ^b Córdoba JM, Chavarro C, Schlueter JA, Jackson SA, Blair MW (July 2010). "Integration of physical and genetic maps of common bean through BAC-derived microsatellite markers". BMC Genomics. 11 (245): 436. doi:10.1186/1471-2164-11-436. PMC 3091635. PMID 20637113.

[infernal-5] Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR (květen 2009). „Infernal 1.0: inference of RNA alignments“. Bioinformatika. 25 (10): 1335–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btp157. PMC 2732312. PMID 19307242.

[locarnate-6] Will S, Reiche K, Hofacker IL, Stadler PF, Backofen R (2007). "Odvození nekódujících rodin a tříd RNA pomocí shlukování na základě struktury genomu". PLoS Comput Biol. 4 (65): e65. doi:10,1371 / journal.pcbi.0030065. PMC 1851984. PMID 17432929.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)

[RNAfold-7] I. L. Hofacker, W. Fontana, P. F. Stadler, L. S. Bonhoeffer, M. Tacker and P. Schuster (1994). "Rychlé skládání a srovnání sekundárních struktur RNA". Monatshefte für Chemie. 125 (2): 167–188. doi:10.1007 / BF00818163.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)

[RNAalifold-8] Bernhart SH, Hofacker IL, Will S, Gruber AR, Stadler PF (November 2008). „RNAalifold: vylepšená předpověď konsensuální struktury pro zarovnání RNA“. BMC bioinformatika. 9 (474): 474. doi:10.1186/1471-2105-9-474. PMC 2621365. PMID 19014431.

[wilms-9] A ^b Wilms I, Voss B, Hess WR, Leichert LI, Narberhaus F (April 2011). "Small RNA-mediated control of the Agrobacterium tumefaciens GABA binding protein". Molekulární mikrobiologie. 80 (2): 492–506. doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07589.x. PMID 21320185.

[jijz-10] Torres-Quesada O, Oruezabal RI, Peregrina A, Jofre E, Lloret J, Rivilla R, Toro N, Jiménez-Zurdo JI (2010). „The Sinorhizobium meliloti RNA chaperone Hfq influences central carbon metabolism and the symbiotic interaction with alfalfa" (PDF). BMC Microbiol. 6.

[11] Torres-Quesada O, Millán V, Nisa-Martínez R, Bardou F, Crespi M, Toro N, Jiménez-Zurdo JI (2013-07-15). "Independent activity of the homologous small regulatory RNAs AbcR1 and AbcR2 in the legume symbiont Sinorhizobium meliloti". PLOS One. 8 (7): e68147. doi:10.1371/journal.pone.0068147. PMC 3712013. PMID 23869210.

[6r6-12] MacLellan SR, MacLean AM, Finan TM (June 2006). „Predikce promotéra v rhizobii“. Mikrobiologie. 152 (Pt 6): 1751–63. doi:10.1099 / mic.0.28743-0. PMID 16735738.

[regpredict-13] Novichkov PS, Rodionov DA, Stavrovskaya ED, Novichkova ES, Kazakov AE, Gelfand MS, Arkin AP, Mironov AA, Dubchak I (July 2010). „RegPredict: integrovaný systém pro odvození regulonu u prokaryot podle komparativního genomického přístupu“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Web Server issue): W299–307. doi:10.1093 / nar / gkq531. PMC 2896116. PMID 20542910.

[regulondb-14] Gama-Castro S, Salgado H, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Muñiz-Rascado L, Solano-Lira H, Jimenez-Jacinto V, Weiss V, García-Sotelo JS, López-Fuentes A, Porrón-Sotelo L, Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Miranda-Ríos J, Huerta AM, Mendoza-Vargas A, Collado-Torres L, Taboada B, Vega-Alvarado L, Olvera M, Olvera L, Grande R, Morett E, Collado-Vides J (January 2011). „RegulonDB verze 7.0: transkripční regulace Escherichia coli K-12 integrovaná do jednotek genetické senzorické odezvy (jednotky Gensor)“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Database issue): D98–105. doi:10.1093 / nar / gkq1110. PMC 3013702. PMID 21051347.

[meme-15] Bailey TL, Elkan C (1994). "Přizpůsobení modelu směsi maximalizací očekávání k objevení motivů v biopolymerech". Sborník z druhé mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. AAAI Press, Menlo Park, Kalifornie: 28–36.

[tomtom-16] Gupta S, Stamatoyannopoulos JA, Bailey TL, Noble WS (2007). "Quantifying similarity between motifs". Genome Biology. 8 (2): R24. doi:10.1186/gb-2007-8-2-r24. PMC 1852410. PMID 17324271.

[gopet-17] Vinayagam A, del Val C, Schubert F, Eils R, Glatting KH, Suhai S, König R (March 2006). „GOPET: nástroj pro automatizované předpovědi termínů genové ontologie“. BMC bioinformatika. 7: 161. doi:10.1186/1471-2105-7-161. PMC 1434778. PMID 16549020.

[blast2go-18] Conesa A, Götz S, García-Gómez JM, Terol J, Talón M, Robles M (September 2005). „Blast2GO: univerzální nástroj pro anotaci, vizualizaci a analýzu ve výzkumu funkční genomiky“. Bioinformatika. 21 (18): 3674–6. doi:10.1093 / bioinformatika / bti610. PMID 16081474.

[domainsweep-19] Val C, Ernst P, Falkenhahn M, Fladerer C, Glatting KH, Suhai S, Hotz-Wagenblatt A (July 2007). „ProtSweep, 2Dsweep a DomainSweep: sada pro analýzu proteinů na DKFZ“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (Problém s webovým serverem): W444–50. doi:10.1093 / nar / gkm364. PMC 1933246. PMID 17526514.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]